Cơ cấu tổ chức bộ máy Sở Giao thông vận tải:

1. Lãnh đạo Sở.

2. Văn phòng, Thanh tra và các phòng chuyên môn, nghiệp vụ thuộc Sở: 05 phòng.

-   Văn phòng;

-   Thanh tra;

-   Phòng Kế hoạch và Quản lý chất lượng;

-   Phòng Quản lý vận tải, phương tiện và người lái;

-  Phòng Quản lý Kế cấu hạ tầng giao thông.

3. Đơn vị sự nghiêp thuộc phòng: 02 đơn vị

-  Trạm quản lý vận tải quốc tế Lào Cai, trực thuộc phòng Phòng Quản lý vận tải, phương tiện và người lái;

- Trạm kiểm tra tải trọng lưu động, trực thuộc Thanh tra Sở.

4. Các đơn vị sự nghiệp thuộc Sở: 01 đơn vị

-  Ban Quản lý bảo trì đường bộ;

5. Các Ban QLDA trực thuộc UBND tỉnh (uỷ quyền cho Sở trực tiếp quản lý về tổ chức, hoạt động): 01 Ban QLDA.

-  Ban QLDA đầu tư xây dựng các công trình giao thông Lào Cai.